Sau khi từ giã chính trường, ông sống tại Thành phố Hồ Chí Minh.

Trong 11 năm, từ 1997 đến lúc mất, trước mỗi sự kiện nóng bỏng, quan trọng mang tầm quốc gia hoặc ảnh hưởng lớn đến quyền lợi nhân dân, Võ Văn Kiệt lại lên tiếng với tư cách một người công dân.[7] Ông là cựu lãnh đạo Việt Nam đầu tiên công khai đặt vấn đề hòa hợp, hòa giải dân tộc. Võ Văn Kiệt cũng đã có ý kiến chính thức với lãnh đạo đất nước là nên đối thoại với những người bất đồng chính kiến,[8] ông nói:"chính kiến khác nhau, ý kiến khác nhau là bình thường, và điều quan trọng là cần phải có đối thoại, nói chuyện với nhau một cách sòng phẳng".[9] Và về việc bầu cử đại biểu Quốc hội ông cũng có nhận định:"Một quốc hội có người tự ứng cử và được dân bầu lên một cách tự do sẽ tốt hơn quốc hội bây giờ".

Trong những năm cuối đời, ông phát biểu ý kiến, kiến nghị với các cơ quan đảng và nhà nước nhiều hơn. Từ những vấn đề trọng đại như ý kiến đóng góp với Đại hội X, hoà hợp dân tộc, đến những kiến nghị, góp ý, phát biểu về những sự việc cụ thể như: quy hoạch về thành phố dọc sông Hồng, việc xây nhà Quốc hội,...[10]

Năm 2005, Võ Văn Kiệt phát biểu rằng chiến thắng 30/4 là thắng lợi của cả dân tộc, tuy nhiên có những người thuộc chế độ cũ vẫn không nguôi thù hận, ông cho rằng những người này cần gác lại thù hận để cùng chính phủ hiện nay xây dựng đất nước. Ông nói:"Chiến thắng của chúng ta là vĩ đại, nhưng chúng ta cũng đã phải trả giá cho chiến thắng đó bằng cả nỗi đau và nhiều sự mất mát. Lịch sử đã đặt nhiều gia đình người dân miền Nam rơi vào hoàn cảnh có người thân vừa ở phía bên này, vừa ở phía bên kia, ngay cả họ hàng tôi cũng như vậy. Vì thế, một sự kiện liên quan đến chiến tranh khi nhắc lại, có hàng triệu người vui, mà cũng có hàng triệu người buồn. Đó là vết thương chung của dân tộc cần được giữ lành thay vì lại tiếp tục làm cho nó thêm rỉ máu... Sau 30/4, khi đồng chí Lê Duẩn vào Sài Gòn, vừa xuống thang máy bay, đồng chí nắm tay đưa lên cao, giọng đầy cảm xúc, nói: "Đây là thắng lợi của cả dân tộc, không phải của riêng ai". Sau 30 năm, tôi thấy không phải dễ dàng làm cho mọi người Việt Nam cảm nhận được điều đó".[11]

Ngày 30/4/2007, trả lời phỏng vấn BBC, ông phát biểu"Hơn 30 năm rồi, năm nay nữa là 32 năm, không có lý do gì giữa chúng ta với nhau không hòa giải được... Tôi đã đặt vấn đề này và cũng viết trong một số bài rằng có một cách nhìn méo mó từ phía một số người cộng sản rằng yêu nước và yêu chủ nghĩa xã hội là đúng, còn những người yêu nước khác mà không yêu chủ nghĩa xã hội thì không yêu nước đủ như mình... Có hàng trăm con đường yêu nước khác nhau. Tổ quốc Việt Nam không của riêng một đảng, một phe phái, tôn giáo nào... chính kiến khác nhau, ý kiến khác nhau là bình thường, và điều quan trọng là cần phải có đối thoại, nói chuyện với nhau một cách sòng phẳng... chính phủ không nên áp dụng biện pháp hành chính đi đầu với họ, trừ phi là con người hoặc sự việc đó có nguy hại đối với đất nước, nhưng không được quy chụp người ta". Võ Văn Kiệt cho rằng đã tới lúc bỏ lại phía sau những chia rẽ mà theo ông phần nhiều do nước ngoài can thiệp gây ra.[12][13] Mặt khác, Võ Văn Kiệt cũng đề nghị Nhà nước cảnh giác với những mưu đồ lợi dụng dân chủ và nhân quyền để lật đổ chế độ xã hội chủ nghĩa. Trong thư gửi Bộ Chính trị năm 1995, ông cho rằng: "Ngày nay, Mỹ và các thế lực phản động khác không thể giương ngọn cờ chống cộng để tranh thủ dư luận và tập hợp lực lượng chống lại nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam như trước được nữa. Vì ngọn cờ này đã hết phép mê hoặc, chúng phải chuyển sang ngọn cờ dân chủ và nhân quyền. Song ngay cả ý đồ muốn thủ tiêu nhà nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam của các thế lực đế quốc và phản động cũng phải được đánh giá dưới ánh sáng của cục diện quốc tế mới... Điều hiển nhiên là trên thế giới tiếng nói ủng hộ hay đồng tình với yêu cầu ổn định chính trị của Việt Nam ngày càng mạnh, sự chấp nhận trên thế giới đối với chế độ chính trị một đảng của Việt Nam cũng đang tăng lên – mặc dầu lúc này lúc khác vấn đề dân chủ và nhân quyền được sử dụng như một phương tiện chính trị đối phó với chúng ta."[14]

Về đường lối xây dựng đất nước và quan hệ ngoại giao, ông cho rằng:"quốc gia nào khắc phục được những mâu thuẫn nội tại để cùng tìm thấy niềm tự hào chung, lợi ích chung thì có thể tạo ra sức mạnh nội lực và do đó càng có uy tín quốc tế. Kể cả những nước nhỏ, nếu có những yếu tố đó thì cũng vẫn tạo ra thế mạnh. Ngược lại, nơi nào mà dân tộc chia rẽ, đối địch với nhau, thì dù có tài nguyên quốc gia phong phú, có dân số đông đúc, vẫn không tạo ra sức mạnh, vị thế quốc tế, do đó cũng không thể vững vàng... Những kinh nghiệm quốc tế vừa qua càng chỉ rõ thêm rằng, nếu chỉ dùng đối đầu và bạo lực để giải quyết những thù hận thì chỉ đẻ ra thù hận. Nếu dùng cách cảm hóa để giải quyết thù hận thì có thể triệt tiêu được thù hận và tạo ra sức mạnh càng ngày càng dồi dào hơn. Nếu cứ còn chia rẽ do hận vì bại, kiêu vì thắng, thì có ích gì cho bản thân, cho đất nước, cho hình ảnh Việt Nam trên trường quốc tế? Nhìn ra thế giới, càng nghiệm thấy rằng tài nguyên lớn nhất cho mọi quốc gia chính là tài nguyên con người. Nếu quy tụ được sức người, thì nhiều nguồn lực khác cũng có thể được quy tụ. Con người mà không quy tụ, thì mọi nguồn lực khác cũng rơi rụng... Muốn thế, cần ngồi lại với nhau. Bằng thiện chí, bằng tấm lòng chân thật, hãy cùng nhau xem lại một cách sòng phẳng những chỗ hay, chỗ dở, chỗ nào đã khắc phục được rồi, chỗ nào còn phải hoàn thiện tiếp... "[15]

Võ Văn Kiệt đã lên tiếng trên công luận bày tỏ quan điểm lo ngại về các dự án như: nhà máy lọc dầu Dung Quất,[16] thành phố bên sông Hồng,[17] việc xây dựng tòa nhà quốc hội mới[18] và lần gần nhất là về vấn đề mở rộng Hà Nội (giữa tháng 5/2008 ông có ra Hà Nội để vận động dừng việc mở rộng thủ đô nhưng ông đột ngột ốm và mất vài tuần sau đó).[19] Ông viết: "Thủ đô của cả nước, của cả dân tộc và cả của lịch sử. Không nên và không được phép đưa thủ đô làm nơi thí nghiệm cho bất cứ mục đích gì."[20]

Bên cạnh đó, ông còn bày tỏ rõ quan điểm ủng hộ tự do báo chí đối với các tổ chức chính trị và chính quyền, thể hiện rõ ở việc ông can thiệp vào sự kiện Thành Đoàn Thành phố Hồ Chí Minh thay thế các vị trí quản lý ở báo Tuổi Trẻ nhằm cài cắm người để quản lý.[21]